Prachatitzer Museum wurde im Jahr 1904 aus der Initiative des Museumsvereines gegründet. Es siedelte damals nicht im heutigen Gebäude, sondern im Erdgeschoß des alten Rathauses. Das ursprünglich städtische Museum gewann erst im Jahr 1946 das Haus der Familie Zdiarsky am großen Marktplatz, bekannt unter dem Namen Sitter-Haus. Es handelt sich um ein bürgerliches Renaissance-Haus mit dem gotischen Kern; Renaissance-Umbau im Jahr 1604. Dank der reichen Malerausschmückung gehört es zu den schönsten Häusern in Prachatitz. Der in Prachatitz gebürtige Maler Šebestian Hájek ist der Autor dieser Ausschmückung. Sehr interessant ist die Thematik der Manierismus-Malereien an der Fassade. Es handelt sich um allegorische Tugend-Gestalten zwischen den Fenstern und um Porträt-Galerie der böhmischen Herrscher unterhalb des Lünette-Gesimses.
Nach der Gesamtrekonstruktion des Museumsgebäudes hat man seit 1992 mit der Gestaltung der Dauerexpositionen begonnen. Im Jahr 1993 wurden folgende Expositionen eröffnet: im Zwischenstock „Goldener Steig“ und „Prachatitzer Gebiet im Spiegel der Archäologie“; im 1. Stock „Renaissance - das goldene Zeitalter der Stadt“ und im 2. Stock „Die bürgerliche Kultur des 19. Jahrhunderts“. In der nächsten Etappe ist die Exposition „Die sakralen Denkmäler im Region“ entstanden. Vor dem 100-jährigen Jubiläum des Museums hat man die Expositionen im Herbst 2003 neu hergerichtet und erweitert. Die Renaissance wurde durch Figurinen bereichert und auch Die bürgerliche Kultur hat man im Jahr 2004 inoviert.
Nach der Beendigung der Grundausstellung zum 100-jährigen Jubiläum des Museums - „Museum in der Kaiserzeit“ - hat man entschieden, den Kern dieser Ausstellung - Rekonstruktion des ursprünglichen Museums - als Dauerexposition zu behalten und einen neuen Ausstellungsraum im Erdgeschoß des hinteren Gebäudeteiles des Museums zu bilden. Damit war es möglich, das Eintrittsgeld der Dauerexpositionen und der kurzfristigen Ausstellungen zu trennen und stufenweise zum schrankenlosen Zugang zum Ausstellungsraum überzugehen. In den Jahren 2006-2008 wurde neben der Exposition des Goldenen Steiges neue Begleitexposition „Burgen am Goldenen Steig“ installiert, mit Zentralexponaten - Modellen der 4 Burgen, die im Mittelalter diesen bedeutenden Handelsweg geschützt haben. Im Jahr 2008 hat man in Zusammenhang mit dem bedeutenden Jubiläum des Schriftstellers Karl Klostermann neue langfristige Ausstellung eröffnet - „Karl Klostermann und die Welt der Schlösser im Vorfeld des Böhmerwaldes“. Sie stellt den Besuchern aufgrund der langjährigen Forschung der kleinen Adelssitze im Vorfeld des Böhmerwaldes die Rolle einiger dieser Schlösser im Leben von Karl Klostermann vor. Diese Ausstellung bleibt bis Ende 2010 geöffnet. Im Jahr 2009 hat man die allmähliche Veränderung der Renaissance-Exposition vollendet. Die Besucher können jetzt eine Figuralszene „Sitzung des Prachatitzer Stadtrates im Jahr 1609“ erblicken und sie werden Zuschauer eines bedeutenden historischen Ereignisses - der Erhöhung von Prachatitz zu einer königlichen Stadt.
Für das Jahr 2010 bereitet man in Prachatitz und im ganzen breiten Gebiet vom bayerischen Passau bis zur nördlichen Grenze des Böhmerwaldes von Prachatitz bis Bergreichenstein prächtige Feierlichkeiten zum Millennium des Goldenen Steiges vor. Prachatitzer Museum eröffnet zu dieser Gelegenheit neue Exposition des Goldenen Steiges, die die Resultate der langjährigen Forschung dieses bekannten mittelalterlichen Weges vorstellt und zugleich die Besucher auf effektvolle Art in die Glanzzeit des Goldenen Steiges hinüberträgt und ihnen seine spezifische Atmosphäre vermittelt.
Die Exposition besteht aus zwei Teilen. Der erste Teil macht die Besucher mit der Geschichte von Prachatitz bis Mitte des 19. Jahrhunderts bekannt, der zweite erinnert an bedeutende historische Ereignisse bis Ende des 20. Jahrhunderts. Im ersten Teil findet man eine Reihe Artefakte Prachatitzer Provenienz (Bild der Literarischen Bruderschaft, Seitenbretter der Renaissancebänke aus St. Jacobskirche, Zielscheiben der Prachatitzer Scharfschützen), zu finden ist da auch die Figuralszene „Soldauszahlung an die Passauer Truppen von Peter Wok“. Fesselnd sind auch die von der Wyschehrader Kapitel, dem ersten Besitzer von Prachatitz, geliehenen Gegenstände. Im zweiten Teil werden an zwölf Ausstellungstafeln die Grundkapitel der neuzeitlichen Geschichte von Prachatitz behadelt, eine Figuralszene erinnert an den verblichenen Ruhm vom St. Margarethenbad, die zweite stellt eine Erinnerung an das Bestehen des tschechischen Gymnasiums während der ersten Republik dar. In den Vitrinen sind dann Gegenstände des täglichen Bedarfs, aber auch Erzeugnisse der Prachatitzer Betriebe aus der zweiten Hälfte des vergangenen Jahrhunderts zu finden.
Eine neue Exposition ist dem berühmtesten Prachatitzer Gebürtigen Johannes Nepomuk Neumann (1811-1860), der zum Bischof von Philadelphia bestellt und im Jahre 1977 heilig gesprochen wurde, gewidmet. Der Besucher der Exposition wird sich mit dem Leben und Schaffen dieses bedeutenden Mannes bekannt machen und auch die Gegenstände sehen, die eine direkte Bindung zu seiner Person haben.
Seit 1990 verläuft die Zusammenarbeit des Prachatitzer und des Südböhmischen Museums an einer systematischen Erforschung des Goldenen Steigs. Im Jahre 2008 wurden die Forschungsarbeiten auf tschechischem Gebiet beendet, und seit 2009 werden sie in Zusammenarbeit mit der Universität Passau in Deutschland fortgeführt. Diese Forschung und das Millenium des Goldenen Steigs im Jahre 2010 wurden zum Anlass dazu, dass der Goldene Steig im Prachatitzer Museum neu und unter Nutzung von Ergebnissen und Funden dieser Forschung präsentiert wird. In den letzten zwei Jahrzehnten hat sich auch die Position des Goldenen Steigs als eines bedeutenden und in mancher Hinsicht des ausdrucksvollsten Phänomens von der Prachatitzer Region und auch vom ganzen Böhmerwald verschoben, und eine neue gesellschaftliche Rolle dieses Phänomens verdient auch eine neue Präsentation. Insbesondere, wenn der Goldene Steig auch zu einem der Symbole der neu angeknüpften und sich erfolgreich entwickelnden Zusammenarbeit zwischen benachbarten Gebieten der Tschichen Republik und Deutschlands auf beiden Seiten vom Böhmerwald geworden ist.
Das sechzehnte Jahrhundert wurde für Prachatitz genauso wie für viele andere Städte des Königreichs zum goldenen Zeitalter, in dem es sich zu einer blühenden und prosperierenden Renaissancestadt verwandelte. Hundert Jahre lang war es ein Teil des Rosenberger Dominiums. Die Stadt erwarben die Rosenberger im Jahre 1501 und besaßen es bis zum Jahre 1601, wo sie Peter Wok an den Kaiser Rudolf II. verkaufte. In den Rosenbergern fand die Stadt Prachatitz einen mächtigen Beschützer und die ihre allseitige Entwicklung fördernde Herrschaft. Der Handel und die sich entwickelnden Gewerbe brachten der Stadt zur damaligen Zeit genügend Gewinn, und so konnte sie sich sogar erlauben, im Jahre 1593 von Peter Wok die Helfenburger Herrschaft mit den Städtchen Bavorov und Strunkovice und weiteren 15 Dörfern zu kaufen.
In diesem Teil der Exposition kehrte die Zeit um ein Jahrhundert zurück, an den Anfang des 20. Jahrhunderts. Sie werden von der Atmosphäre der Neige der Österreichisch-Ungarischen Monarchie umgeben sein, einer Zeit, in der das Museum in Prachatitz im Jahre 1904 entstand und bis zum Ausbruch des Ersten Weltkrieges wirkte. Wenn Sie in der Tür stehen, erblicken Sie im linken Teil des Saals die ursprüngliche Exposition dieses Museums aus den ersten Jahren seines Bestehens so sehen, wie sie auf zeitgenössischen Dokumentarfotografien aufgenommen wurde (eine von ihnen sehen sie zum Vergleich gleich nebenan). Übermäßige bis unübersichtliche und unsystematische Anhäufung von Exponaten war typisch für kleinere Museen der damaligen Zeit, und auf den Besucher wirkte es eher durch sein malerisches Gepräge als durch einzelne ausgestellte Gegenstände. Das Museum war ursprünglich im Erdgeschoß des alten Rathauses in den Räumlichkeiten des heutigen Rathaussaales untergebracht.