Prachatitzer Museum wurde im Jahr 1904 aus der Initiative des Museumsvereines gegründet. Es siedelte damals nicht im heutigen Gebäude, sondern im Erdgeschoß des alten Rathauses. Das ursprünglich städtische Museum gewann erst im Jahr 1946 das Haus der Familie Zdiarsky am großen Marktplatz, bekannt unter dem Namen Sitter-Haus. Es handelt sich um ein bürgerliches Renaissance-Haus mit dem gotischen Kern; Renaissance-Umbau im Jahr 1604. Dank der reichen Malerausschmückung gehört es zu den schönsten Häusern in Prachatitz. Der in Prachatitz gebürtige Maler Šebestian Hájek ist der Autor dieser Ausschmückung. Sehr interessant ist die Thematik der Manierismus-Malereien an der Fassade. Es handelt sich um allegorische Tugend-Gestalten zwischen den Fenstern und um Porträt-Galerie der böhmischen Herrscher unterhalb des Lünette-Gesimses.
1992 - 2010
Nach der Gesamtrekonstruktion des Museumsgebäudes hat man seit 1992 mit der Gestaltung der Dauerexpositionen begonnen. Im Jahr 1993 wurden folgende Expositionen eröffnet: im Zwischenstock „Goldener Steig“ und „Prachatitzer Gebiet im Spiegel der Archäologie“; im 1. Stock „Renaissance - das goldene Zeitalter der Stadt“ und im 2. Stock „Die bürgerliche Kultur des 19. Jahrhunderts“. In der nächsten Etappe ist die Exposition „Die sakralen Denkmäler im Region“ entstanden. Vor dem 100-jährigen Jubiläum des Museums hat man die Expositionen im Herbst 2003 neu hergerichtet und erweitert. Die Renaissance wurde durch Figurinen bereichert und auch Die bürgerliche Kultur hat man im Jahr 2004 inoviert.
Nach der Beendigung der Grundausstellung zum 100-jährigen Jubiläum des Museums - „Museum in der Kaiserzeit“ - hat man entschieden, den Kern dieser Ausstellung - Rekonstruktion des ursprünglichen Museums - als Dauerexposition zu behalten und einen neuen Ausstellungsraum im Erdgeschoß des hinteren Gebäudeteiles des Museums zu bilden. Damit war es möglich, das Eintrittsgeld der Dauerexpositionen und der kurzfristigen Ausstellungen zu trennen und stufenweise zum schrankenlosen Zugang zum Ausstellungsraum überzugehen. In den Jahren 2006-2008 wurde neben der Exposition des Goldenen Steiges neue Begleitexposition „Burgen am Goldenen Steig“ installiert, mit Zentralexponaten - Modellen der 4 Burgen, die im Mittelalter diesen bedeutenden Handelsweg geschützt haben. Im Jahr 2008 hat man in Zusammenhang mit dem bedeutenden Jubiläum des Schriftstellers Karl Klostermann neue langfristige Ausstellung eröffnet - „Karl Klostermann und die Welt der Schlösser im Vorfeld des Böhmerwaldes“. Sie stellt den Besuchern aufgrund der langjährigen Forschung der kleinen Adelssitze im Vorfeld des Böhmerwaldes die Rolle einiger dieser Schlösser im Leben von Karl Klostermann vor. Diese Ausstellung bleibt bis Ende 2010 geöffnet. Im Jahr 2009 hat man die allmähliche Veränderung der Renaissance-Exposition vollendet. Die Besucher können jetzt eine Figuralszene „Sitzung des Prachatitzer Stadtrates im Jahr 1609“ erblicken und sie werden Zuschauer eines bedeutenden historischen Ereignisses - der Erhöhung von Prachatitz zu einer königlichen Stadt.
Für das Jahr 2010 bereitet man in Prachatitz und im ganzen breiten Gebiet vom bayerischen Passau bis zur nördlichen Grenze des Böhmerwaldes von Prachatitz bis Bergreichenstein prächtige Feierlichkeiten zum Millennium des Goldenen Steiges vor. Prachatitzer Museum eröffnet zu dieser Gelegenheit neue Exposition des Goldenen Steiges, die die Resultate der langjährigen Forschung dieses bekannten mittelalterlichen Weges vorstellt und zugleich die Besucher auf effektvolle Art in die Glanzzeit des Goldenen Steiges hinüberträgt und ihnen seine spezifische Atmosphäre vermittelt.